Le projet a pour principal objectif de protéger un échantillon représentatif de la biodiversité dans la région du Sahara central et ce, à travers la conservation et l'utilisation durable de la biodiversité d’importance mondiale dans les parcs culturels du Tassili N'Ajjer et de l'Ahaggar. Toutefois, compte-tenu de la vaste superficie des deux parcs culturels et de la spécificité des écosystèmes désertiques, il conviendra d'adopter une stratégie mixte comme celle déjà mise en place au cours de la première phase du projet. Dans les sites possédant d’importantes ressources en termes de biodiversité, on favorisera un mode de gestion intensif, alors que dans le reste de la zone, on préconisera une gestion plus extensive, les interventions pouvant être dans certains cas limitées au renforcement du personnel sur le terrain.

La priorité sera également accordée aux corridors écologiques afin d'assurer ne serait-ce qu’un début de connectivité entre les zones disposant de ressources importantes pour la biodiversité. Cette stratégie de gestion adaptative, où flexibilité et déplacements sont mis en exergue, est adaptée aux impératifs écologiques des écosystèmes du désert, comme le montrent les stratégies de survie et les comportements de migration adoptés tant par les animaux que par les hommes dans ces environnements extrêmes.

La première phase préparatoire du projet a permis de recenser un ensemble limité de sites prioritaires essentiels au maintien de la biodiversité dans les deux parcs culturels., et de démontrer un certain nombre de techniques destinées à être reproduites et appliquées à une plus grande échelle par la suite. Six grandes zones ont été définies en fonction de critères de représentativité, superficie, intégrité et rentabilité, s’étendant sur un total de 45 200 km² : le massif de la TAESSA, le massif de la TEFEDEST, le plateau du MOUYIDIR, la région du SERKOUT– ANHEF ; le plateau du MEDDAK ; l'erg de TIHOUDAINE.

Dans ces sites prioritaires de conservation de la biodiversité, le projet appuiera la mise en œuvre cohérente et homogène de tout un éventail d'outils conçus pour les interventions sur le terrain. Il apportera également son soutien au recrutement d’agents de conservation et de techniciens supplémentaires en vue de leur intégration progressive dans les effectifs des parcs culturels. La mise en place d’un programme de formation favorisera le renforcement des ressources humaines. Le projet poursuivra le développement et l'amélioration des infrastructures stratégiques de base, tout en veillant au respect de l'environnement et des meilleures pratiques internationales dans ce domaine. Le suivi systématique de la biodiversité et des écosystèmes constituera un outil majeur d’aide à la décision. Le programme de suivi se concentrera sur un nombre restreint d’indicateurs et s’efforcera de produire des informations directement applicables à la planification et la gestion des sites prioritaires concernés.