Le projet apportera son soutien à une approche processuelle en faveur de l'élaboration de nouvelles formes de gouvernance fondées sur des cadres juridiques et des institutions pluriels et souples. Ces derniers seront le résultat de l'appréciation des conséquences de l'incertitude écologique liée aux écosystèmes du désert, suivant l’approche développée au cours de la première phase du projet Tassili N’Ajjer/Ahaggar.

Le cadre de gestion adaptative proposé implique une certaine flexibilité des modes de vie, notamment en matière de déplacements, de réactions face aux opportunités et de sources de revenus.

Comme cela avait été initié au cours de la première phase du projet, des processus informels et ouverts devraient conduire à la mise en application de partenariats et d'accords de gestion collaborative formels, étayés par une législation, une politique et des droits relatifs au régime foncier. Ces processus, qui se fondent essentiellement sur « l’apprentissage par l’action » et conçus pour répondre à des besoins ou des circonstances uniques dans des contextes différents, seront mis en œuvre par une équipe de gestion collaborative interdisciplinaire qui comprendra des experts de l'évaluation participative et de la biodiversité ainsi que des animateurs expérimentés. Cette équipe de gestion collaborative, qui exploitera les résultats de la première phase du projet, facilitera la mise en œuvre et le suivi des accords de gestion collaborative existants, et permettra d'évaluer la faisabilité d’éventuels nouveaux partenariats.

Le processus de gestion collaborative se traduira essentiellement par le renforcement d’institutions favorables à la conservation, lequel confèrera une forte autorité et un statut important à des régimes de ressources communautaires juridiquement reconnus. Différents régimes de propriété des ressources et régimes fonciers coexistent et ces législations se chevauchent dans la région du Tassili N’Ajjer/Ahaggar. Dans les zones plus arides ou à la saison sèche, l’accès libre au territoire prédomine, alors que dans les régions plus humides ou à la saison des pluies, le droit d’accès est plus exclusif. Par conséquent, le projet apportera son appui à des comités de gestion locaux dotés de systèmes efficaces pour la médiation de conflits, avec de faibles coûts de transaction et fondés sur des réseaux sociaux existants, tels que ceux administrés par les anciens de la population locale.